依金門縣各國民小學組織規程第五條第一項之規定︰國民小學視學校班級數及校務發展需要,於處(室)之下分設各組…八班以下者,至多得設二處(室),下設四組。必要時得置資訊教師。

目前本校國小部班級數為六班,調整舊有之組織結構後,自109學年度起在教導處下改設教學研發組、教學事務組、學生事務組及學生輔導組四組,加上原有的總務處,組成2處4組、2位主任、4位組長之行政組織,重組後之行政組織規模如圖1。

另有附設幼兒園,分別招收2歲至5歲之幼兒,由校長兼任園長,下設兼任園主任、教保組長各乙名。